Fin 2006, le Conseil d’administration du lycée a décidé de renommer les différentes cours du lycée avec des titres d’œuvres d’Antoine de Saint-Exupéry, à savoir Citadelle, Courrier sud, Terre des hommes, Le Petit Prince et Vol de nuit. Les élèves peuvent profiter de larges espaces de verdures notamment dans les cours Citadelle, Le Petit Prince et Courrier sud. Le lycée est non-fumeur.
Depuis 2010, les élèves bénéficient d’un foyer : la maison des lycéens, avec des salles équipées d’ordinateurs entre autres.
Le Lycée est résolument ouvert au monde. Sept langues vivantes y sont enseignées, notamment le chinois, le japonais, le portugais et l'italien. Il est proposé des sections européennes en anglais, en espagnol, en allemand, deux sections BTS, CI et NDRC ainsi que l'enseignement du latin.
Le Lycée Saint-Exupéry propose également une Section Rugby garçons et Basket en partenariat avec le Stade ROCHELAIS. Ces classes offre une structure adaptée à des élèves motivés et déterminés à progresser dans leur pratique du rugby et du basket, tout en leur permettant de poursuivre une scolarité sérieuse.
